L'histoire
En 2007, deux ans après les incidents de shadow moses, Solid Snake et Otacon œuvrent désormais pour « Philanthropy », une ONG qui lutte contre la prolifération des Metal Gear. Solid Snake infiltre le Discovery KSNM-3, un Tanker en partance de New-York supposé transporter un nouveau prototype de Metal Gear de l'US Marine Corps. Mais peu après son arrivée, un groupe de spetsnaz investit de force l'embarcation et en prend le contrôle. sergei gurlukovich, un colonel du GRU, dirige les opérations en compagnie de Revolver Ocelot. Sur le pont, Snake affronte Olga, la fille de Gurlukovich, qui est enceinte, et la laisse inconsciente. Après avoir atteint les cales, Snake découvre le nouveau Metal Gear, une version amphibie baptisée Metal Gear RAY. Il prend des photos du RAY et les transmet à Otacon. Il assiste ensuite à la trahison d'Ocelot qui tue Gurlukovich pour s'emparer du Metal Gear. Lorsque Snake tente de s'interposer, Ocelot faillit un instant et sa personnalité est changée par celle de Liquid Snake, dont il s'était fait greffer le bras après l'incident de Shadow Moses. Liquid Snake semble promettre une revanche à Snake et disparaît avec le Metal Gear après avoir fait couler le tanker. Dans sa fuite, Ocelot qui a repris ses esprits prend contact avec le président des états-Unis pour lui indiquer que la mission s'est parfaitement déroulée.
Laissé pour mort, Solid Snake sera officiellement tenu responsable de la catastrophe écologique supposément engendrée par le naufrage du tanker. Sur le lieu de l'incident, à 30 km au large de Manhattan, les autorités érigent une usine de décontamination surnommée "Big Shell"
L'incident de la Big Shell
Le 29 avril 2009, la Big Shell, devenue un symbole de la lutte écologique, est prise d'assaut par un groupe terroriste lors de la visite du président des États-Unis, James Johnson. Les terroristes, qui se font appeler les « Fils de la Liberté », sont menés par Solidus Snake, le troisième clone de Big Boss et sont composés d'anciens membres de la Dead Cell — Fatman, Fortune et Vamp —, de Revolver Ocelot et de la milice russe d' Olga Gurlukovich. Raiden, une recrue de l'unité de forces spéciales américaine Fox Hound, est infiltré sur les lieux en solo par voie maritime pour sauver les otages et neutraliser les terroristes. En parallèle, des équipes de la Navy SEAL tentent une intervention par voie aérienne mais elle est fortement réprimée par les terroristes. La mission de Raiden prend dès son arrivée une tournure inattendue. Le chef de l'opération, le « colonel », lui parle de la mission en terme de « simulation » et lui apprend que sa petite amie, Rosemary, analyste à la NSA, sera impliquée à distance dans l'opération. Les informations officielles sur les motivations et les menaces des terroristes s'avèrent également rapidement contredites sur le terrain...
Raiden rencontre Iroquois Pliskin, un lieutenant de la SEALs, et Peter Stillman, un expert en déminage du NYPD. Tout trois font équipe pour désamorcer les explosifs posés par Fatman, l'ancien disciple de Stillman et terroriste désormais incontrôlable. La catastrophe est évitée mais Stillman y laisse la vie et une partie de la structure de la Big Shell est endommagée. Avec l'aide d'un mystérieux ninja cyborg, Raiden parvient à rejoindre le président Johnson qui lui révèle les dessous d'une conspiration. La Big Shell n'est pas une usine de décontamination mais le centre de développement de l'Arsenal Gear, un gigantesque sous-marin qui abrite le GW, un système de traitement de données à base de supercalculateurs conçu pour contrôler les flux d'informations numériques transitant sur les réseaux mondiaux. Le président lui explique que la démocratie aux États-Unis est un leurre et que le pays est en réalité contrôlé par une organisation secrète, les Patriotes. « La politique, l'armée, l'économie... ils contrôlent tout. » Lassé de n'être qu'un pion, le président a collaboré avec Solidus Snake, alias Georges Sears, son prédécesseur, pour détourner l'Arsenal Gear et faire pression sur l'organisation. Mais face à la détermination sans borne de Solidus Snake, prêt à générer le chaos pour parvenir à ses fins, Johnson décide de faire volte-face. Il donne à Raiden un disque optique contenant un virus informatique capable de détruire le GW. Revolver Ocelot fait alors irruption dans la pièce et assassine le président.
Le nouvel objectif de Raiden est désormais d'empêcher le détournement de l'Arsenal Gear. Raiden part retrouver Emma Emmerich, ingénieur sur le projet GW et demi-sœur d'Otacon, qui sait comment charger le virus. Ils font route vers la salle des ordinateurs où les attendent Solid Snake, qui se cachait derrière l'identité d'Iroquois Pliskin, et son compère Otacon. En chemin, Emma est gravement blessée par Vamp et elle meurt quelques minutes plus tard dans les bras de son demi-frère. Le virus injecté dans le système ne semble pas complètement opérant, probablement manipulé par les Patriotes. L'Arsenal Gear s'apprête à être mis en service par les terroristes. Solid Snake charge Otacon d'évacuer les derniers otages par hélicoptère. Snake et Raiden ne pourront entrer à l'intérieur de l'Arsenal Gear sans y être aidés : Olga Gurlukovich, alias le mystérieux ninja cyborg, apparaît soudain aux côtés de Snake. Elle assomme un Raiden décontenancé...
Raiden reprend conscience, nu et ligoté, dans la salle de torture de l'Arsenal Gear. Solidus Snake le reconnaît comme l'enfant soldat d'exception qu'il a formé durant les années 1980. Manipulé par les implants cérébraux et les nanomachines, Raiden avait perdu souvenir de ce passé trouble. Raiden se retrouve en tête à tête avec Olga, qui lui explique être un agent double à la solde des Patriotes. L'organisation a kidnappé son enfant peu après sa naissance et la contraint à aider Raiden dans sa mission : s'il meurt, son enfant mourra aussi. Raiden est libéré par Olga et part retrouver Solid Snake. En chemin, le colonel lui tient des propos de plus en plus incohérents, phénomène qu'Otacon met en relation avec le virus informatique injecté : le chef de l'opération est une intelligence artificielle générée par le GW. Raiden et Snake progressent côte à côte dans les méandres de l'Arsenal Gear. Quand Fortune vient à leur rencontre, Solid Snake décide de l'affronter seul. Plus loin, Solidus Snake lâche un bataillon de Metal Gear RAY sur Raiden. Épuisé, Raiden finit par mettre un genou à terre. Olga intervient mais Solidus Snake tue froidement la jeune femme, dont les derniers mots iront pour Raiden : « Tu dois vivre. »
Raiden et Solid Snake, tous deux menottés, se retrouvent avec Solidus Snake et Fortune sur le toit de l'Arsenal Gear, désormais émergé. Solidus Snake livre ses véritables intentions : obtenir la liste de noms des Patriotes et détruire l'organisation. Revolver Ocelot entre alors en scène et lève le voile sur la machination dont ils ont tous été victimes. L'incident terroriste est un exercice orchestré par les Patriotes. Les évènements, reproduction de l'incident de Shadow Moses, ont été manigancés dans le cadre du Plan S3, un programme qui viserait à créer le soldat parfait. Tout était scripté... à l'exception de l'apparition du véritable Solid Snake sur la Big Shell. Solidus Snake et Fortune tentent en vain d'éliminer l'espion de Patriotes, qui tue Fortune. « Maintenant que j'ai récupéré suffisamment de données, je peux récupérer l'Arsenal Gear et nettoyer les déchets générés par l'exercice. » Revolver Ocelot prend les commandes d'un Metal Gear RAY et s'apprête à en finir avec eux quand la personnalité de Liquid Snake refait soudain surface. Liquid Snake explique être à l'origine de la présence de Solid Snake sur la Big Shell. Il a l'intention de se débarrasser des Patriotes ainsi que de ses deux frères génétiques : « Il ne peut y avoir qu'un Snake et qu'un Big Boss. » Aux commandes du RAY, Liquid Snake fuit dans l'océan tandis que Solid Snake se jette à sa poursuite. L'Arsenal Gear se met soudain en marche et se dirige droit sur la ville de New-York.
La gigantesque masse de l'Arsenal Gear percute Manhattan et stoppe sa course au centre-ville. Solidus Snake et Raiden sont projetés sur le toit du Federal Hall. Solidus Snake explique vouloir lutter contre les Patriotes pour rétablir les principes fondateurs des États-Unis et aussi simplement laisser une trace de son existence. Il pense que le cortex cérébral de Raiden contient des informations sur l'organisation. Raiden reçoit un dernier appel de l'intelligence artificielle qui livre une signification étendue du Plan S3. Le programme viserait en réalité à créer une méthode qui permette de contrôler la volonté et la conscience humaine. Le but poursuivi par les Patriotes serait de stimuler l'évolution de l'espèce humaine : filtrer le cloaque d'informations numériques insignifiantes, lutter contre la perte des valeurs et extirper l'humanité de ses contradictions en réalisant les choix qu'elle ne veut pas faire. Solidus Snake libère Raiden de ses chaînes et l'engage à combattre dans un ultime duel au sabre. Raiden terrasse Solidus Snake, dont le corps s'échoue au pied de la statue de George Washington.
Comme à la sortie d'un étrange rêve, Raiden fait quelques pas sur Wall Street. Snake le rejoint. « Snake, qui suis-je réellement ? Que dois-je croire ? » Snake lui dit qu'il est libre de choisir qui il veut être et quoi retenir de cette expérience. Il attire son attention sur ses plaques d'identification : Raiden n'y reconnaît pas son nom et les jette. Solid Snake explique que dans notre monde la réalité absolue n'existe pas vraiment et que, dans un sens, les Patriotes ne sont qu'une fiction ininterrompue. Snake a posé un émetteur sur le RAY de Liquid Snake. Il détient aussi le disque optique contenant le virus et pense pouvoir en tirer la liste des Patriotes. Le héros légendaire disparaît dans la foule et Raiden retrouve Rosemary. Les deux amoureux se promettent de se voir désormais pour ce qu'ils sont vraiment et de trouver quoi transmettre à leur futur enfant.
Après le générique de fin, une communication entre Snake et Otacon révèle le résultat du décryptage du disque optique : les douze membres du Comité des Sages, le haut conseil des Patriotes, sont morts il y a plus d'une centaine d'années et l'un d'entre eux est le principal donateur de « Philanthropy ».