L'histoire

Prologue

• Lieu : Moyen-Orient (Ground Zero)

Chapitre I - Liquid Sun

• Lieu : Moyen-Orient

Snake démarre sa mission dans une ville du Moyen-Orient déchirée par une guerre entre une milice locale et la SMP Praying Mantis. Il y fait la rencontre du Metal Gear Mk. II, sorte de petit drone bipède qu'Otacon a développé pour assister Snake à distance. Celui-ci doit alors rejoindre les informateurs de Roy Campbell, la Rat Patrol Team 01, dirigée par Meryl Silverburgh la fille du colonel. Au sein du Palais Advent, la nouvelle équipe est attaquée par les FROGS, troupe d'élite et garde personnelle de Liquid Ocelot. Après avoir aidé la Rat Pat à défaire les FROGS, Snake se rend à l'endroit où Liquid aurait été vu pour la dernière fois, et se prépare à l'assassiner. Cependant, au moment de tirer, une étrange force s'empare des soldats sur place, dont Snake, les poussant à s'effondrer de chagrin et de remords, ou à se battre entre eux. Liquid s'échappe par hélicoptère, et Snake reçoit une seringue des mains de Naomi Hunter, laquelle semble accompagner Liquid. Johnny Sasaki/Akiba vient alors à la rescousse et emmène Snake en sécurité.

Chapitre II - Solid Sun

• Lieu : Amérique du Sud
• Boss : Laughing Octopus

Après être retourné au Nomad, avion servant de base à Snake et Otacon et abritant également Sunny, Otacon découvre un message vidéo envoyé par Naomi Hunter. On y voit celle-ci détenue en otage en Amérique Latine. Snake s'infiltre dans la région et y fait la rencontre du trafiquant d'armes Drebin, lequel révèle que les Patriotes sont en réalité un réseau de cinq intelligences artificielles (ou IA), dont les quatre premières ont des initiales renvoyant aux quatre premiers présidents américains : GW (George Washington), TJ (Thomas Jefferson), TR (Theodore Roosevelt) et AL (Abraham Lincoln). Celles-ci sont opérationnelles sous la tutelle d'une unique IA centrale, JD. Snake parvient finalement à localiser Naomi, et apprend que Liquid a besoin d'utiliser les informations génétiques de Big Boss pour accéder à l'IA JD. Snake apprend également qu'il ne lui reste plus que quelques mois à vivre, compte tenu de la mutation du virus FoxDie, lequel peut désormais s'attaquer à n'importe qui, et non plus uniquement aux personnes pour lesquelles il a été programmé. Devenu maintenant une arme de destruction massive ambulante, Snake s'échappe avec Naomi et Drebin avec l'aide d'un Raiden métamorphosé en ninja cyborg qui repousse les charges de plusieurs Gekkōs. S'ensuis un combat de Vamp et Raiden. Aucun des 2 n'en sort vaincueur Vamp bléssé s'endort et raiden gravement blessé a besoin d'une dialyse pour régénérer son sang artificiel.

Chapitre III - Third Sun

• Lieu : Europe de l'Est
• Boss : Raging Raven

Au sein du Nomad, Naomi révèle que Big Boss est cliniquement vivant, tout comme ses cellules, mais que son cerveau est verrouillé par les nanomachines. Son corps est détenu par un groupe de rebelles nommé Paradise Lost localisé en Europe de l'Est. Leur leader, Big Mama, s'avère être en réalité EVA, et la mère porteuse de Solid Snake et Liquid Snake. Elle révèle également les origines des Patriots, fondés par Major Zero quarante ans plus tôt. Suite à une attaque menée par Raging Raven, Snake et EVA s'échappent à bord de la moto de cette dernière vue dans Metal Gear Solid 3 : Snake Eater, accompagnés par des vans visant à tromper la vigilance de leurs poursuivants. Au terme d'une course-poursuite à rebondissements, la moto s'écrase contre un mur, blessant au passage EVA. Cerné par l'armée volante de Raging Raven, Snake n'a d'autres choix que de l'affronter. Après le combat, il retourne récupérer EVA afin d'atteindre la rivière Volta où un bateau (avec à bord le corps de Big Boss) les attend, mais celui-ci est détruit et c'est Liquid qui les y attendait. Liquid montre alors sa maîtrise du système SOP en empêchant toutes les armes des soldats américains sur place de fonctionner, et ce en contrôlant leurs nanomachines. Il jette le corps de Big Boss au feu, poussant EVA à se brûler gravement en essayant de sauver la dépouille. Snake tente alors d'aider EVA, mais le liquide à l'intérieur de la dépouille explose, causant à Snake une grave brûlure sur la joue gauche. EVA décède quelques minutes après dans les bras de son "fils".

Chapitre IV - Twin Suns

• Lieu : Shadow Moses
• Boss : Crying Wolf, Vamp, Metal Gear RAY

Le but final de Liquid est de détruire JD, l'IA centrale des Patriots, afin de contrôler leur réseau avec GW, qu'il a apparemment réparé et maîtrisé après les incidents de Manhattan (relatés dans Metal Gear Solid 2). Pour y parvenir, Liquid compte utiliser la seule arme de destruction massive qui échappe au contrôle des Patriots, à savoir le fameux "Rail Gun" (ou canon à rampe) du Metal Gear Rex, l'objectif étant de lancer une attaque nucléaire sur JD, abrité dans un satellite en orbite. Snake retourne alors à Shadow Moses pour empêcher Liquid de voler REX, dont le prototype est resté dans le hangar où ils s'étaient affrontés 9 ans plus tôt. Après avoir vaincu Crying Wolf et un groupe de FROGS, il découvre que Liquid a déjà pris possession du Rail Gun. Il subit alors les attaques soudaines de Vamp jusqu'à l'arrivée de Raiden et d'une armée de Gekkōs. Deux combats simultanés s'engagent donc, l'un confrontant Snake à des Gekkōs kamikazes qui s'autodétruisent, l'autre confrontant Raiden à un Vamp devenu mortel après que Snake lui ait supprimé ses nanomachines. Naomi fait alors son apparition et se suicide en supprimant ses propres nanomachines qui empêchait son cancer de se propager et de la tuer. Otacon réussit ensuite à réactiver REX à l'aide du Metal Gear Mk.III. Snake et Raiden s'en servent pour s'échapper, toujours sous l'assaut de plusieurs Gekkōs. Pendant que Raiden repousse les attaques de ces derniers, Snake utilise REX pour combattre un Metal Gear Ray piloté par Liquid. A la suite de la confrontation, Liquid lève le voile sur son arme ultime : un prototype d'Arsenal Gear qu'il a rebaptisé Outer Haven et dans lequel est installé le Rail Gun de REX. Il tente d'écraser un Snake mal au point avec l'énorme carcasse. Raiden, coincé sous des décombres après son combat contre les Gekkōs, se coupe le bras pour sauver Snake et stope la progression d'Outer Haven, s'ingfligeant au passage de graves blessures. Outer Haven se redirige enfin vers la position d'où il pourra lancer son attaque nucléaire.

Chapitre V - Old Sun

• Lieu : Outer Haven
• Boss : Screaming Mantis, Liquid Ocelot

A bord de l'USS Missouri, navire de bataille échappant au système SOP, Mei Ling tente de rattraper Outer Haven et d'y envoyer Snake, Meryl et Johnny. Leur but est d'accéder à la salle des serveurs renfermant le système GW et d'y introduire un virus informatique conçu par Naomi et Sunny pour stopper la frappe nucléaire sur JD. Sur le chemin, Snake croise la route de Screaming Mantis et l'affronte. A la suite du combat, il est contraint de laisser Meryl, Johnny et Raiden face aux FROGS et d'avancer seul vers la salle des serveurs. Il traverse alors un long couloir truffé de micro-ondes qui lui causent de graves brûlres, mais parvient néanmoins à accéder à l'antre de GW. A peine vivant, il subit l'assaut de plusieurs Gekkos nains pendant que le Mk. III charge le virus dans GW. Le ver informatique détruit alors non seulement GW mais également l'ensemble des IAs constituant les Patriots, désactivant au passage tous les systèmes de défense des troupes de Liquid.

Les Marines prennent le contrôle d'Outer Haven, alors que Snake, affaibli par les brûlures, attend l'arrivée des secours sur le toit de la forteresse. C'est à ce moment que Liquid Ocelot arrive et révèle toute la vérité sur ses intentions. Tout ce que Snake a entrepris et réussi était minutieusement préparé et encadré par Liquid. Celui-ci affirme que son intention d'utiliser la canon à rampe du Metal Gear Rex n'était qu'un leurre pour que les Patriots ne puissent pas soupçonner les tentatives de Snake de détruire leur système, alors qu'eux-mêmes prévoyaient que Snake stoppe Liquid pour avoir ainsi le contrôle total. Après cette révélation, Snake et Liquid Ocelot s'engagent dans un combat final à mains nues, que Snake remporte.

Epilogue - Naked Sin

L'épilogue du jeu débute par le mariage de Johnny et Meryl sur une piste d'atterrissage, auquel assistent les membres de la Rat Patrol, Otacon, Sunny, Drebin et Roy Campbell, finalement réconcilié avec sa fille. De son côté, Raiden voit son enveloppe cybernétique remplacée par un tissu organique grâce à la chirurgie. Il finit également par se réconcilier avec Rose, accompagnée de leur fils John. La fausse-couche de Rose ainsi que sa relation avec Campbell n'étaient finalement que des leurres visant à protéger leur enfant des Patriots pendant la mission de Raiden. Snake, se recueillant sur les tombes de The Boss et de Big Boss, tente de se suicider afin de stopper la mutation de FoxDie et d'éviter qu'il ne se transforme en arme de destruction massive ambulante. Ce suicide est, selon ses propres mots, sa dernière mission. Enfin, Drebin révèle à Otacon qu'il était contraint d'aider Snake en tant que trafiquant d'armes, et ce sur ordre des Patriots. Il révèle également que la Rat Team Patrol 01 était manipulée par les Patriots (R T Pat 01 étant un anagramme du mot "Patriot").

Debriefing - Naked Son

Le joueur découvre, après le générique des voix d'acteurs, que Snake n'a pas réussi à se suicider. Une voix distincte et jusqu'ici inconnue félicite alors Snake de s'être épargné la vie. Cette voix est en réalité celle de Big Boss! Ce dernier confie à Snake que le corps brûlé sur le Vlatva était celui de Solidus Snake, et que lui-même a été reconstitué grâce à des fragments provenant des corps de Liquid Snake et de Solidus Snake. Big Boss n'est pas seul, puisqu'il est accompagné d'un Major Zero en état végétatif et sur chaise roulante en raison de son âge extrêmement avancé. Big Boss met la lumière sur les motivations de Zero lors de la création des Patriots, avant de couper le respirateur qui lui servait a vivr. Il révèle qu'Ocelot et EVA avaient quitté les Patriots, et que leur but était depuis lors de les détruire. Snake apprend également qu'Ocelot n'était nullement habité par l'esprit de Liquid Snake. Il utilisait en effet l'autosuggestion et ses nanomachines pour se transformer en double de Liquid pour tromper les Patriots. Sa mort ainsi que celle d'EVA étaient dues à une nouvelle version de FoxDie, que Drebin a injecté à Snake lors de l'acte 1. Cette nouvelle version a non seulement supplanté l'ancienne, mais elle commence déjà à ronger le corps de Big Boss. Le père et le fils font alors la paix, puis Big Boss salue la tombe de son ancien mentor ( The Boss ) avant de mourir sur la sienne.