Un agent américain Jack, qui auras comme nom de code Naked Snake, est envoyé par les services secrets américains en territoire soviétique pour rapatrier un scientifique (Sokolov) sur le point de finaliser une nouvelle arme de guerre dévastatrice : le Shagohod, une sorte de tank nucléaire tout terrain. Le caractère crucial de sa mission tien au fait que cette arme pourrait faire basculer l'équilibre qui maintient le monde dans une sécurité relative.
Pour accomplir sa mission, Naked Snake est soutenu à distance par une équipe constituée de Major Zero, d'une conseillère médical ainsi que de celle qui a été son mentor, The Boss. Maître dans l'art du camouflage et de la survie dans la jungle. Naked Snake parvient à s'immiscer dans la base ennemie et à enlever Sokolov. Sur le chemin du retour il tombe a sa grande surprise sur son mentor, The Boss, qui contre toute attente est passé dans le camp adverse en s'associant au Colonel Volgin. Ce dernier compte reverser le régime soviétique de Khrouchtchev avec l'appui de Brejnev : l'intention ultime du Colonel Volgin n'est autre que permettre a l'URSS de remporter la guerre froide et de dominer le monde en se servant de l'arme conçue par Sokolov pour arriver à ses fins. Ayant accès à l'Héritage des Philosophes, une réserve quasi-infinie d'argent, Volgin s'est ainsi entouré du GRU, la faction armée rivale du KGB, d'Ocelot, ainsi que de The Boss et de son unité d'élite, les Cobras. The Boss, la nouvelle venue, lui a en plus offert comme cadeaux d'arrivée et gage de confiance deux tètes nucléaires portatives.
L'heure est alors au bilan. Naked Snake est en convalescence à l'hôpital pendant que le président des Etats-Unis reçoit un appel de Khrouchtchev. L'explosion du centre ayant été causée par une ogive américaine. Il exige que les Américains prouvent leur innocence. Khrouchtchev se sert de cette position de force pour requérir des Américains qu'ils éliminent Volgin, son plus dangereux rival au sein même de l'URSS. Le Major Zero et Naked Snake obtiennent ainsi une chance de se racheter, et de par la même occasion d'éviter une crise mondiale majeure dans le cadre de la guerre froide. L'objectif de leur seconde mission baptisée " Snake Eater " consisterait à récupérer Sokolov tout en éliminant le Shagohod et le responsable apparente de la crise : The Boss.
Naked Snake est donc renvoyer en territoire soviétique où il pourra compter sur l'aide de deux espion locaux, Adam et Eva, identifiables grâce au mot de passe : " qui sont les patriotes ? La li lu le lo ". A son arrivée, il ne repère qu' Eva - aucune trace d'Adam. Taupe infiltrée dans l'entourage direct de Volgin, elle lui apprend où Sokolov est détenu et aide Naked Snake à échapper à une embuscade tendue par Ocelot et ses sbires. Naked Snake se met alors en route vers la cachètte du scientifique. En chemin il se défait d'un premier disciple de son mentor, The Pain. Plus loin, il tombe sur Granin, un scientifique rival de Sokolov qui semble avoir mis au point un tank robotisé.
Un véritable Metal Gear, mais auquel on a préférer le Shagohod. Dans un accès de jalousie, il aide Naked Snake dans l'espoir que celui-ci élimine Sokolov et sa maudite invention. Poursuivant son périple, Naked Snake affronte successivement The Fear et The End sur le chemin qui le mène à la base ou est retenue Sokolov. Une fois sur place, il rejoint Eva qui lui donne quelque précieuses indications pour localiser le scientifique. Après un combat acharné contre The Fury, il se déguise comme un gradé et réussie à retrouver Sokolov qui viens confier les données du Shagohod a Eva.
Volgin fait malheureusement irruption et soumet Naked Snake à des tortures atroces pour le faire parler. C'est dans ces circonstances qu'il perd un œil, une blessure de guerre qui le marquera a jamais. Pendant son interrogatoire, le spectre de The Sorrow apparaît mystérieusement pour révéler un nombre à Naked Snake, nombre qui lui permet par l'intermédiaire de sa radio de déverrouiller la porte de sa cellule et de s'évader. Echapant de justesse à Ocelot lancé à ses trousses, il se jette dans l'eau et prend la fuite. Alors qu'il remonte la rivière, le terrible fantôme de The Sorrow se dresse devant lui et lui fait revivre les violences qu'il a infligées aux Cobras. Après avoir véritablement fait l'expérience de la mort, Naked Snake finit tout de même par se relever.
Quand Eva rejoint Naked Snake dans la cachètte qu'elle lui a indiquée, elle lui donne les charges de C3 qu'elle a dérobées : grâce à elles, il va pouvoir faire exploser les réservoirs de fuel proches du Shagohod et ainsi détruire cette arme. Il réussi bel et bien a poser les explosifs, mais découvre malheureusement que Volgin et Ocelot ont percé l'identité secrète d'Eva. The Boss se charge d'elle pendant que Volgin défie Naked Snake en combat singulier. Victorieux, Naked Snake échappe de justesse à l'explosion et retrouve Eva. Volgin les empêche cependant d'apprécier le moment et les pourchasse a bort du Shagohod. Au terme d'une course folle à moto, les deux alliés malmènent le Colonel Volgin et son engin infernal. Poursuivis par les soldats du colonel, Naked Snake et Eva subissent un accident de moto mais atteignent malgré tout le lac ou un hydravion est à leur disposition.
Néanmoins, une dernière tache attend Naked Snake : il doit pour accomplir sa mission, vaincre son mentor, sa " mère " The Boss. Celle-ci lui raconte sa vie et les nombreux sacrifices qu'elle a dû faire pour sa patrie et tant que soldat. Naked Snake se bat cette fois sans retenue et le duel tourne en sa faveur : la guerrière déchue lui remet le microfilm contenant l'Hétitage des Pilosophes avant de périr. Apres une ultime péripétie l'opposant à Ocelot, il s'échappe a bord de l'hydravion en compagnie d'Eva. Celle-ci s'empare du microfilm pendant son sommeil et lui apprend qu'elle travaillait en fait pour le comptes de la Chine : elle se battait pour que son pays ait sa part de l'Héritage des Philosophes.
Les dernières minutes du jeu donnent des réponses à bien des énigmes. On y apprend que la trahison de The Boss n'était en fait qu'une gigantesque tromperie destinée a lui permettre de s'approcher de Volgin et récupérer l' Héritage des Philosophes. Sa dernière mission consistait à se couvrir de honte et à périr dans main même de son apprenti (Naked Snake), pour que les soviétiques croient au stratagème.
Pour avoir tué The Boss, Naked Snake obtient le rang de légende vivante, Big Boss. Les années qui suivent vont lui voir confier le commandement de l'unité Fox-Hound ainsi que la responsabilité du projet " Les enfants terribles "…
Eva n'était pas la seule a mener un triple jeu (auprès de Volgin, de Naked Snake et de la chine) ; Ocelot en faisais tout autant : contrairement aux apparences, il agissait pour le compte des Etats-Unis au détriment de la faction de Khrouchtchev et de celle de Brejnev. Le microfilm qu'il a laissé à Eva n'était qu'un faux, ce qui signifie que se sont les Américains qui vont en profiter. Cela dit il ne prétend pouvoir rapporter que la moitié de l'Héritage des Philosophes…